FIRE results (motif interaction matrix)

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In terms of cell color, a yellow cell represents positive correlation while a red cell represents negative correlation. In terms of cell borders, a black border represents functional module separation, a blue border represents significant interaction (p<1e-4) between two DNA motifs, a pink border represents significant interaction between two RNA motifs, and a green border represents significant interaction between a DNA and RNA motif. The + symbol represents significant co-localization.

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[ACG][AG]ATCGAT[AGT] GCGCTC[CGT][AG][ACT] [CGT][ACG]CGCA[CG][ACG][ACG] [CGT]C.TCG[GT]C. .[CT]CGCG[AG]A. .TTTC[GT]CC. [ACG]CGC[ACG]AAC[ACG] [ACG]AGCGAA[AT][AGT] [AG][AG][AC]TCG[AG]C[AG] .CCTG[AG]A[AC][AT] [ACG]CAGGTGA[AT] .TACCA[AGT][AG]. .ATA[AGT]GTA. [CGT][AC]TG[AG][CT]TA[ACT] [ACG].[CG]CCTA[CT]. .C[AT]AAC[CT]A. [AG][AGT][AG]GTTCA. [ACT]AAG[GT]T[AT]G[AGT] .[AT]TACTA[GT]. [ACG][CT]TAATG[AT]. .TA[CT]GT[GT]A. .C[ACT]AAGTA[AGT] [ACT]A[ACT]AGTTG[AT] .A[GT]GT[CG]TA. .TAAG[AC][AGT]C[ACT] .T[AT]ACT[CG][AC][CT] .TA[AGT]C[CT]C[AT][AG] [CT]C[AT]A.TCA[ACG] [ACT]CATAGC[AT][ACT] [AGT][CT][CT]TGACA[AGT] .[AT]TACTAC. .ATATCAT. .[CT]CGT[GT]GCG [ACG]AA[AG]AGAG[ACT] [ACT]TAT[AC]TG[AC][ACT] .ACAT[CG]TA[ACG] [ACG]ACG[AC]GAA[AGT] [AT]ATTGCG[AG]A .CGAACG[AT]. .CTA[AG][AGT]AC. [GT]CG[CG]TCG[CGT][CG] [AT][AC]CCA[ACG]C[GT][CGT] [ACG]ACGGCC[AG][CGT] .[AC]T[AG][AT]GCAA .CCC[CG]CTC[ACT] [AC]C[ACG]CCCAC[CT] [ACG][AG]ACGCGG. [CGT]CGC[AT]AG[ACG]. [ACT][AG]TAGA[AT]G[ACG]
                + +                                                                               [ACG][AG]ATCGAT[AGT] 5'
                                                                                                  GCGCTC[CGT][AG][ACT] 5'
                                                                                                  [CGT][ACG]CGCA[CG][ACG][ACG] 5'
      + +                                                                                         [CGT]C.TCG[GT]C. 5'
      +                                                                                           .[CT]CGCG[AG]A. 5'
                                                                                                  .TTTC[GT]CC. 5'
                                                                                                  [ACG]CGC[ACG]AAC[ACG] 5'
                                                                                                  [ACG]AGCGAA[AT][AGT] 5'
+                                                                                                 [AG][AG][AC]TCG[AG]C[AG] 5'
+                                                                                                 .CCTG[AG]A[AC][AT] 5'
                                                                                                  [ACG]CAGGTGA[AT] 5'
                                                                                                  .TACCA[AGT][AG]. 5'
                          +                               +                                       .ATA[AGT]GTA. 5'
                        +                     +                                                   [CGT][AC]TG[AG][CT]TA[ACT] 5'
                                                                                                  [ACG].[CG]CCTA[CT]. 5'
                                          +                                                       .C[AT]AAC[CT]A. 5'
                                                                                                  [AG][AGT][AG]GTTCA. 5'
                                                                                                  [ACT]AAG[GT]T[AT]G[AGT] 5'
                                                                                                  .[AT]TACTA[GT]. 5'
                                                                                                  [ACG][CT]TAATG[AT]. 5'
                                                                                                  .TA[CT]GT[GT]A. 5'
                              +                                                                   .C[ACT]AAGTA[AGT] 5'
                                                                                                  [ACT]A[ACT]AGTTG[AT] 5'
                          +                     +                                                 .A[GT]GT[CG]TA. 5'
                                              +                                                   .TAAG[AC][AGT]C[ACT] 5'
                                                                                                  .T[AT]ACT[CG][AC][CT] 5'
                                                                                                  .TA[AGT]C[CT]C[AT][AG] 5'
                                                                                                  [CT]C[AT]A.TCA[ACG] 5'
                                                                                                  [ACT]CATAGC[AT][ACT] 5'
                        +                                                                         [AGT][CT][CT]TGACA[AGT] 5'
                                                                                                  .[AT]TACTAC. 5'
                                                                                                  .ATATCAT. 5'
                                                                                                  .[CT]CGT[GT]GCG 5'
                                                                                                  [ACG]AA[AG]AGAG[ACT] 5'
                                                                                                  [ACT]TAT[AC]TG[AC][ACT] 5'
                                                                                                  .ACAT[CG]TA[ACG] 5'
                                                                                                  [ACG]ACG[AC]GAA[AGT] 5'
                                                                                                  [AT]ATTGCG[AG]A 5'
                                                                                                  .CGAACG[AT]. 5'
                                                                                                  .CTA[AG][AGT]AC. 5'
                                                                                                  [GT]CG[CG]TCG[CGT][CG] 5'
                                                                                                  [AT][AC]CCA[ACG]C[GT][CGT] 5'
                                                                                                  [ACG]ACGGCC[AG][CGT] 5'
                                                                                                  .[AC]T[AG][AT]GCAA 5'
                                                                                                  .CCC[CG]CTC[ACT] 5'
                                                                                                  [AC]C[ACG]CCCAC[CT] 5'
                                                                                                  [ACG][AG]ACGCGG. 5'
                                                                                                  [CGT]CGC[AT]AG[ACG]. 5'
                                                                                                  [ACT][AG]TAGA[AT]G[ACG] 5'